龟头流脓且小便刺痛通常是由于患者近期有不洁性生活等情况，从而患上性传播疾病的表现。
一、淋菌性尿道炎：这是由淋病奈瑟菌引发的泌尿生殖道化脓性感染，还可能同时伴有眼、咽、直肠感染以及播散性淋球菌感染。其主要通过性接触传播，淋病患者是主要的传染源头，在少数情形下，也可能因接触带有淋球菌的分泌物或者被污染的器具（像衣物、毛巾、浴盆、坐便器等）而受到传染。主要的表现为一开始有尿频、尿急、尿痛以及尿道口红肿并流出稀薄黏液等症状，24小时后病情会加重，尿道口的分泌物变为黄色脓性且量明显增多，有时还会伴有腹股沟淋巴结发炎的情况。
二、非淋菌性尿道炎：多在性活跃的青壮年人群中发生，主要也是通过性接触传染，从感染到发病的潜伏期一般为1至3周。主要由沙眼衣原体、解脲支原体、人型支原体、生殖支原体等感染导致。有症状的患者可呈现出尿道刺痒、疼痛或是烧灼感。进行体检时可见尿道口有轻度的水肿、充血，有少量稀薄、浆液性或浆液脓性的分泌物，内裤上可见被污染分泌物形成的痂。在晨起排尿前常常能发现尿道口有薄薄的脓性痂膜，也就是所谓的“糊口”现象。部分患者的症状并不明显，甚至没有症状。
三、其他尿道炎：包含念珠菌性尿道炎、滴虫性尿道炎等。
总之，当出现龟头流脓、小便刺痛的情况时，患者应尽快就医，明确病因后积极进行治疗。