消化功能紊乱的症状较多，常见的有腹胀，大约有30% - 50%的消化功能紊乱患者会出现腹胀情况，尤其在进食后较为明显；还会有腹痛，疼痛程度不一，可为隐痛、胀痛等，部位不固定，有时在上腹部，有时在脐周等。
消化道相关症状表现
恶心呕吐： 部分消化功能紊乱患者会出现恶心，严重时可伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般不含有胆汁，呕吐后症状可能会有一定程度缓解，但容易反复发作。食欲不振： 患者会感觉没有胃口，对食物缺乏兴趣，进食量明显减少，长期如此可能会导致体重下降等问题。比如有些患者原本每餐能吃2两米饭，患病后可能每餐只能吃1两甚至更少。
全身相关症状体现
疲劳乏力： 由于消化功能紊乱影响营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，患者会经常感到疲劳，没有精神，即使经过休息也难以恢复，日常活动容易感到吃力。睡眠障碍： 约有20% - 30%的消化功能紊乱患者会出现睡眠问题，表现为入睡困难、睡眠浅、易惊醒等。因为消化系统不适会干扰神经系统的正常功能，从而影响睡眠质量。
情绪方面的表现
焦虑抑郁： 长期受消化功能紊乱困扰，患者容易出现焦虑、抑郁情绪。比如有些患者会担心自己的病情是否严重，情绪低落，对周围事物缺乏兴趣，严重时可能会影响到正常的生活和工作。这是因为消化系统的不适信号不断传入大脑，导致神经内分泌失调，进而影响情绪状态。