包皮上长水泡的原因可能有以下两种：
一、生殖器疱疹：生殖器疱疹主要是由病毒感染引起，常见的如单纯疱疹病毒。这种病毒可通过性生活传播。一旦感染，会使局部出现炎症反应，导致包皮或龟头等部位长出小水泡，同时还伴有瘙痒、疼痛等不适症状。治疗上可口服阿昔洛韦、泛昔洛韦等药物。
二、龟头炎：龟头炎可能由细菌感染引起，也可能是不良卫生习惯所致，比如常穿非棉质内裤或不及时更换。若有包皮过长的情况也容易引发龟头炎，会使局部出现水泡、红斑，并伴有刺痛和瘙痒感。
总之，包皮上长水泡可能与多种因素相关，需要配合医生积极治疗。在治疗期间要注意保持阴部干燥清洁，以预防病情加重。