调节胃肠功能紊乱的药有多种，其中常用的包括益生菌类药物，比如双歧杆菌四联活菌片等，一般来说这类药物相对比较安全，能在一定程度上调节肠道菌群，改善胃肠功能紊乱，通常价格在几十元不等。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等四种有益菌，能补充肠道有益菌群，抑制有害菌生长，调节肠道菌群平衡，改善胃肠功能紊乱引起的腹泻、便秘等症状。枯草杆菌二联活菌颗粒： 主要成分是枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。
促胃肠动力药
多潘立酮片： 能直接作用于胃肠壁，可增加食管下部括约肌张力，防止胃食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，从而改善消化不良、腹胀、嗳气等胃肠功能紊乱症状。但需要注意，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利片： 为选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠道而发挥促动力作用，从而改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但对十二指肠溃疡、反流性食管炎等也有一定的治疗作用，不过老年人用药需注意观察。
调节植物神经功能的药物
谷维素片： 可以调整自主神经功能，减少内分泌平衡障碍，改善精神神经失调症状。常用于胃肠功能紊乱伴有失眠、焦虑等情况的患者。一般来说，成人一次10 - 30毫克，一日3次。但胃及十二指肠溃疡患者慎用。维生素B1片： 参与体内辅酶的形成，能维持正常糖代谢及神经、消化系统功能。当胃肠功能紊乱与神经功能失调有关时，补充维生素B1可能有一定帮助，成人推荐剂量为一次5 - 10毫克，一日3次。不过，大剂量使用时可能会出现头痛、疲倦、烦躁、食欲缺乏等不良反应。