来月经时两侧输卵管疼痛，可能是原发性痛经波及两侧输卵管导致，此外还存在多种可能，比如卵巢子宫内膜异位囊肿、盆腔炎、输卵管积水等。
一、卵巢子宫内膜异位囊肿：即子宫内膜异位生长到卵巢，此类患者会出现严重痛经，且会波及两侧卵巢，进而表现为来月经时两边输卵管疼痛。
二、盆腔炎：当盆腔炎波及输卵管引发输卵管炎时，炎症会引发来月经时两边输卵管疼痛。除了疼痛外，患者还会有子宫压痛或者附件区压痛等情况。在治疗方面，首选抗生素药物，可选用广谱抗生素如头孢曲松钠，根据药敏试验结果进一步选择合适药物，如发现厌氧菌感染可加用甲硝唑，发现支原体感染时可选用阿奇霉素、氧氟沙星等。
三、输卵管积水：输卵管炎症患者若长期未得到治疗，可能会形成输卵管积水，会导致盆腔粘连、充血，常常引起下腹部坠胀、疼痛以及腰骶部酸痛，输卵管积水患者可能会在月经期间出现两侧输卵管疼痛。此外，患者还会有月经不调、腹痛、阴道分泌物增多等症状。对于输卵管积水患者，通常采用腹腔镜下输卵管造口术进行治疗。
四、其他疾病：输卵管结核是由结核杆菌引起的输卵管炎症，患者可能会出现来月经时两边输卵管疼痛，同时还会有结核病的相关表现，如低热、盗汗、乏力、体重减轻等。对于输卵管结核的治疗，一般需要使用治疗结核病的药物，如异烟肼、利福平等。
总之，来月经时出现两侧输卵管疼痛可能是多种情况引起，需要根据具体症状和检查结果进行综合判断和治疗。