疏肝健脾丸目前临床上较少报道有明确的副作用，但在一些特殊情况下可能出现不适。一般来说，正常按照医嘱服用时副作用发生概率较低，但个体差异存在。
个体差异导致的反应差异
不同个体对疏肝健脾丸的耐受程度不同。部分体质敏感的人可能在服用后出现胃肠道的轻微不适，比如少数人可能会有胃部轻度的烧灼感，但这种情况发生率较低，大概在1% - 2%左右。这是因为药物成分可能对胃肠道黏膜有一定的刺激，但通常程度较轻。
特殊人群需注意的情况
孕妇群体
孕妇属于特殊人群，由于其身体处于特殊的生理状态，服用疏肝健脾丸可能存在潜在风险。目前虽没有大规模的临床数据表明一定会出现严重副作用，但从用药谨慎角度考虑，孕妇服用疏肝健脾丸需格外谨慎。因为药物成分可能会通过胎盘影响到胎儿，虽然这种影响发生的概率不高，但为了保障胎儿的安全，一般不建议孕妇自行服用疏肝健脾丸，必须在医生充分评估利弊后，严格遵医嘱使用。
过敏体质者
对于过敏体质的人来说，服用疏肝健脾丸有引发过敏反应的可能。过敏体质者体内免疫系统较为敏感，疏肝健脾丸中的某些成分可能成为过敏原，引发如皮疹、瘙痒、呼吸困难等过敏症状。如果过敏体质者在服用后出现皮肤瘙痒、起红斑等情况，应立即停药，并及时就医。据相关研究统计，过敏体质者服用疏肝健脾丸出现过敏反应的概率约为0.5% - 1%左右，但一旦发生，需要及时处理。
与其他药物联用的情况
当疏肝健脾丸与其他药物同时服用时，有可能发生药物相互作用。例如与某些含有重金属离子的药物联用，可能会影响疏肝健脾丸的药效，还可能增加不良反应发生的风险。虽然这种药物相互作用发生的概率因联用药物的不同而有所差异，但在同时服用多种药物时，一定要告知医生正在服用疏肝健脾丸，由医生来判断是否存在药物相互作用的风险，并调整用药方案，以确保用药安全。