脸部扁平疣的最佳治疗方法包括以下几种：
1.外用药物：
维A酸乳膏：这是一种角质促成剂，具有调节表皮角质形成细胞增殖和分化的作用，对扁平疣有一定的治疗效果。
咪喹莫特乳膏：可用于治疗扁平疣，具有抗病毒、免疫调节和抗肿瘤的作用。
2.物理治疗：
冷冻治疗：利用低温作用于疣体，使组织坏死脱落，适用于扁平疣数目较少者。
激光治疗：通过激光的高温作用破坏疣体，适用于疣体较大者。
3.系统治疗：
免疫调节剂：如干扰素、胸腺肽等，可调节机体的免疫功能，有助于清除病毒。
抗病毒药物：如利巴韦林，可抑制病毒复制，对扁平疣有一定的治疗作用。
4.中医治疗：
中药治疗：可采用清热解毒、活血化瘀的中药，如板蓝根、丹参等。
针灸治疗：通过刺激穴位，调节机体免疫力，达到治疗扁平疣的目的。
需要注意的是，扁平疣的治疗方法应根据患者的具体情况选择，如疣体的大小、数量、分布范围以及患者的年龄、免疫状态等。在治疗过程中，患者应注意保持皮肤清洁，避免搔抓疣体，以免引起自身接种。同时，还应注意避免与他人共用毛巾、脸盆等物品，以防交叉感染。如果扁平疣症状较为严重或治疗效果不佳，建议及时就医，在医生的指导下进行治疗。