胆总管扩张的原因有多种，其中先天性因素较为常见，比如先天性胆总管囊肿，这是一种先天性发育异常，发病率约为1/15000~1/20000，主要是胆总管壁先天性肌层发育薄弱等原因导致胆总管呈囊状或梭状扩张。
先天性因素
胆总管囊肿： 除了上述的发育异常导致的囊状或梭状扩张外，还可能与胰胆管合流异常有关，胰液反流入胆总管，长期刺激可引起胆总管扩张。胆道发育不良： 胚胎时期胆道发育过程中出现异常，也可能引发胆总管扩张，这种情况相对少见，但也是先天性因素的一种表现。
胆道梗阻相关原因
结石阻塞： 胆道内的结石，如胆总管结石，可引起胆总管梗阻，进而导致近端胆总管扩张。结石的形成与胆汁成分异常等多种因素有关，例如长期高胆固醇饮食等可能增加胆结石形成风险。肿瘤压迫： 胆管本身的肿瘤，如胆管癌，或者周围脏器的肿瘤压迫胆总管，造成胆汁排出受阻，也会使胆总管扩张。胆管癌多见于50~70岁人群，发病率有逐渐上升趋势。
感染因素
胆管炎： 反复发作的胆管炎，如细菌性胆管炎，炎症刺激可导致胆总管管壁充血、水肿、增厚，进而引起胆总管扩张。细菌感染多是通过肠道逆行感染等途径引起胆管炎症。
寄生虫感染
蛔虫感染： 胆道蛔虫症是常见的情况，蛔虫进入胆总管，可引起胆总管痉挛性扩张。蛔虫感染在卫生条件较差的地区相对多见，尤其在儿童中可能因卫生习惯不良而发生。当蛔虫钻入胆总管时，会刺激胆管，导致胆总管出现扩张以试图排出蛔虫。