晚上嘴巴苦可能由多种原因引起，比如口腔问题，像不注意口腔卫生，食物残渣在口腔中滋生细菌，经过一晚上的时间，就可能导致嘴巴发苦，这种情况较为常见，约有10% - 20%的人会因口腔卫生不佳出现晚上嘴巴苦的情况。
口腔卫生问题
口腔清洁不到位： 如果晚上睡前没有认真刷牙、漱口，食物残渣残留在牙齿缝隙、舌苔上，经过细菌发酵等作用，就会产生异味，导致嘴巴发苦。建议每天至少早晚刷牙，每次刷牙时间不少于3分钟，并且配合使用牙线清洁牙缝。口腔疾病： 如牙龈炎、牙周炎等口腔疾病，炎症会导致口腔内细菌滋生，也容易出现晚上嘴巴苦的现象。有牙龈炎的患者约有30% - 50%会伴随嘴巴发苦的情况，需要及时就医进行牙周治疗。
胃肠道问题
胆汁反流： 当胃肠道动力异常时，胆汁可能会反流至食管甚至口腔，从而引起嘴巴发苦。比如患有胆汁反流性胃炎的患者中，有40% - 60%会在晚上出现嘴巴苦的情况。这是因为胆汁是苦味的，反流到口腔就会感觉口苦。消化不良： 晚餐进食过多、过快，或者食用了不易消化的食物，会导致胃肠道消化负担加重，食物在胃内停留时间过长，容易引起消化不良，也可能出现晚上嘴巴苦的情况。一般进食过量后1 - 2小时可能就会有感觉。
其他系统问题
呼吸系统问题： 像鼻窦炎、咽喉炎等呼吸系统疾病，鼻腔、咽喉部位的分泌物可能会倒流至口腔，也会导致嘴巴发苦。例如患有鼻窦炎的患者中，约有20% - 30%会出现这种情况，因为炎症产生的分泌物会带有异味。内分泌系统问题： 比如糖尿病患者，在血糖控制不佳时，可能会出现口干、口苦的症状，晚上也可能嘴巴苦。有研究显示，约15% - 20%的糖尿病患者会有口腔异味包括口苦的表现。