泌尿系结石的治疗方法需根据结石大小、位置等因素来定。一般来说，直径小于0.6厘米的结石，可通过大量饮水等方式促进排出。
药物治疗辅助
缓解疼痛药物：当泌尿系结石引起疼痛时，常用非甾体抗炎药，如布洛芬等，能起到消炎止痛的作用。不过，布洛芬可能会引起胃肠道不适等不良反应，有胃溃疡等病史的患者要谨慎使用。溶石药物：对于某些特定成分的结石，比如尿酸结石，可以使用别嘌醇等药物来帮助溶解结石，但药物溶石的效果相对较慢，一般需要较长时间的治疗，而且也不是对所有结石都有效。
体外冲击波碎石
适用情况：适用于直径在0.6~2厘米之间的肾结石或输尿管上段结石。治疗过程：通过X线或超声对结石进行定位，利用高能冲击波聚焦后作用于结石，使结石裂解，然后随尿液排出体外。不过，体外冲击波碎石可能会有一些并发症，比如血尿、肾绞痛等，而且对于一些复杂位置的结石，碎石效果可能不太理想。
手术治疗
输尿管镜取石术：适用于中下段输尿管结石以及一些较小的肾结石。手术时通过尿道插入输尿管镜，找到结石后用套石篮取出或用激光将结石击碎后取出。这种手术创伤相对较小，但也存在感染等风险。经皮肾镜取石术：主要用于治疗较大的肾结石，是通过腰部建立通道，进入肾脏后用器械取出结石。该手术的创伤相对较大，但对于较大的结石能较彻底地清除。不过，术后可能会出现出血、感染等并发症。