尿道上裂目前尚无确切的预防方法，但可以通过一些措施降低相关风险。
孕期保健方面
产前检查： 孕妇在孕期应按时进行产前检查，一般从怀孕12周左右开始，需定期进行超声等检查，及时发现胎儿可能存在的结构异常。通过规范的产前检查，有可能在早期发现胎儿尿道上裂的迹象，但不能完全预防其发生，只是能尽早知晓情况以便后续处理。避免不良因素： 孕妇要尽量避免接触可能影响胎儿发育的不良因素，如避免滥用药物，一些药物可能会对胎儿的器官发育产生影响；远离放射性物质，如在非必要情况下不进行X线等放射性检查；保持健康的生活方式，均衡饮食，摄入充足的维生素、矿物质等营养物质，避免吸烟、酗酒等不良行为，虽然不能绝对预防尿道上裂，但有助于降低胎儿发育异常的整体风险。
遗传因素相关
遗传咨询： 如果家族中有尿道上裂的遗传病史，夫妇在计划怀孕前应进行遗传咨询。医生会评估遗传风险，告知可能的遗传方式等情况。例如，如果是单基因遗传相关的尿道上裂家族史，遗传咨询可以帮助夫妇了解胎儿患病的概率等信息，虽然不能预防疾病发生，但能让夫妇做好心理准备和后续的监测准备。基因检测： 在某些明确遗传背景的情况下，可能会建议进行基因检测。不过基因检测对于预防尿道上裂主要是起到风险评估的作用，目前还没有针对尿道上裂的基因编辑等手段来实现预防。
环境因素角度
工作环境注意： 对于准备生育的夫妇，男性要注意避免长期处于高温、高污染等工作环境中。高温环境可能会影响精子的质量和发育，进而影响胎儿的正常发育；长期接触化学毒物等污染物质也可能增加胎儿出现尿道上裂等畸形的风险。男性应尽量避免长时间泡热水澡、蒸桑拿等，工作中接触有毒有害物质时要做好防护措施。