肛门湿疹的治疗需综合多方面措施，一般可通过药物治疗、局部护理等方法来改善。通常可以采用外用药物配合日常护理等方式，大部分患者经过规范治疗能取得较好效果。
外用药物治疗
糖皮质激素药膏： 如氢化可的松乳膏等，具有抗炎、抗过敏的作用，能缓解肛门湿疹引起的瘙痒、红肿等症状。但这类药物不宜长期大面积使用，以免引起皮肤萎缩等不良反应。钙调磷酸酶抑制剂： 像他克莫司软膏，适用于不宜使用糖皮质激素的部位，如肛门周围皮肤较薄嫩处，能起到免疫调节作用，减轻炎症反应。不过使用时可能会有局部灼热感等不适。
口服药物治疗
抗组胺药： 氯雷他定片等可缓解肛门湿疹导致的瘙痒症状，因为瘙痒往往会影响患者的生活质量，这类药物能通过阻断组胺受体，减轻瘙痒感。但服用后可能会有嗜睡等副作用，用药期间应避免驾驶等需要高度集中注意力的活动。中药： 一些具有清热利湿作用的中药制剂也可用于肛门湿疹的治疗，比如湿毒清胶囊等，需在医生辨证论治后使用。
局部护理要点
保持清洁干燥： 每天要用温水清洗肛门部位，清洗时水温不宜过高，一般30~40℃较为合适，清洗后要轻轻擦干，保持局部干燥。避免用肥皂水等刺激性强的清洁剂清洗，以免加重症状。避免搔抓： 肛门湿疹瘙痒时，千万不要用手搔抓，因为搔抓会破坏皮肤屏障，导致病情加重，还可能引起感染。可以通过轻轻拍打等方式来缓解瘙痒感。
生活方式调整
饮食注意： 要避免食用辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，这些食物容易加重肛门湿疹的瘙痒等症状。也要减少饮酒，因为酒精会刺激皮肤，不利于病情恢复。多吃新鲜的蔬菜和水果，保证摄入足够的维生素等营养物质。穿着舒适： 选择宽松、透气的棉质内裤，避免穿紧身、不透气的化纤内裤，这样可以减少对肛门周围皮肤的摩擦和刺激，有利于病情恢复。