细菌性痢疾和病毒性痢疾都是常见的肠道传染病，但病原体不同。细菌性痢疾是由志贺菌引起，而病毒性痢疾多由轮状病毒等引起。一般来说，细菌性痢疾可选用抗生素治疗，如喹诺酮类药物等，但儿童、孕妇等特殊人群用药需谨慎；病毒性痢疾主要是对症支持治疗。
病原体差异
细菌性痢疾： 病原体是志贺菌，属于革兰氏阴性菌。志贺菌对外界环境抵抗力较强，在水果、蔬菜及污染物上可存活数天到数周。病毒性痢疾： 常见病原体有轮状病毒等，轮状病毒在外界环境中也能存活较长时间，耐酸耐乙醚，但不耐热，加热到 60℃ 30 分钟可被灭活。
症状表现区别
细菌性痢疾： 起病较急，主要症状有发热、腹痛、腹泻、里急后重、黏液脓血便等。体温可高达 39℃ 左右，腹泻频繁，每天可达十余次甚至数十次。病毒性痢疾： 起病相对较缓，多以腹泻为主，大便多为水样或稀便，一般无脓血，可伴有发热、呕吐等症状，发热程度一般相对细菌性痢疾稍低，腹泻次数相对细菌性痢疾可能稍少，但也有个体差异。
治疗方式不同
细菌性痢疾： 常用抗生素治疗，如诺氟沙星等喹诺酮类药物，但儿童、孕妇通常不选用喹诺酮类，可选用头孢类抗生素等。治疗时要注意隔离，卧床休息，饮食以流食或半流食为主，适当补充水分和电解质。病毒性痢疾： 主要是对症支持治疗，如纠正脱水和电解质紊乱，可口服补液盐，严重时需要静脉补液。对于腹泻严重的，可使用肠黏膜保护剂等药物，一般不使用抗生素，因为抗生素对病毒无效。
预防措施有别
细菌性痢疾： 要注意饮食卫生，不吃变质、不洁的食物，不吃生冷食物，饭前便后要洗手。加强水源保护，避免饮用生水。对患者的排泄物要进行规范处理，防止污染环境和食物。病毒性痢疾： 同样要注意饮食卫生，防止病从口入。对于轮状病毒感染，可通过接种疫苗来预防，6 - 24 个月的婴儿是轮状病毒疫苗的主要接种对象，接种疫苗可以降低轮状病毒感染性腹泻的发病风险。同时要注意环境卫生，减少病毒传播的机会。