孩子矮小可能由多种原因导致，其中常见的原因包括遗传因素，若父母身高偏矮，孩子遗传矮小的概率相对较高；营养因素也很关键，孩子长期挑食、偏食，摄入的蛋白质、钙、维生素D等营养物质不足，会影响骨骼生长，进而导致身材矮小，一般建议孩子每天保证300 - 500毫升的牛奶摄入来补充钙；还有内分泌因素，比如生长激素缺乏症，这是由于垂体分泌生长激素不足引起的，会使孩子生长速度明显减慢。
遗传因素导致的矮小
遗传基因决定：孩子的身高有一定的遗传倾向，如果父母双方或者一方身材较矮，孩子遗传矮小的可能性较大。这种情况往往从孩子出生起就可能表现出生长速度相对缓慢，但如果孩子其他方面发育正常，一般属于正常的遗传变异。
营养因素引发的矮小
营养物质缺乏影响：长期营养不均衡会严重影响孩子身高。像蛋白质是身体生长的重要原料，孩子如果蛋白质摄入不足，会影响身体组织的合成；钙是骨骼发育的关键元素，缺乏钙会导致骨骼发育不良；维生素D能促进钙的吸收，缺乏维生素D也会阻碍骨骼生长。例如，3岁以下孩子每天需要摄入约400国际单位的维生素D来保证骨骼正常发育。
内分泌因素造成的矮小
生长激素缺乏：垂体是分泌生长激素的重要器官，若垂体分泌生长激素不足，就会出现生长激素缺乏症。患有该病症的孩子身高增长明显低于同龄人，每年身高增长通常少于5厘米。这种情况需要通过医学检查，如生长激素激发试验等来确诊。
疾病因素导致的矮小
慢性疾病影响：一些慢性疾病也会影响孩子身高，比如先天性心脏病、慢性肾病等。以慢性肾病为例，孩子患慢性肾病后，身体的代谢和营养状况会受到影响，进而阻碍生长发育，导致身材矮小。还有甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会使孩子新陈代谢减慢，生长发育迟缓，表现为身材矮小、智力发育落后等。