治疗脑血栓的药物主要有溶栓药物、抗血小板聚集药物、神经保护类药物等。比如在发病4.5小时内符合溶栓指征的患者，可使用阿替普酶等溶栓药物。
溶栓类药物
阿替普酶： 是常用的溶栓药，能激活体内纤溶酶原转化为纤溶酶，溶解血栓。一般需在发病4.5小时内使用，可有效开通血管，但使用过程中需密切监测出血等风险。尿激酶： 也可用于溶栓治疗，通过激活纤溶酶原发挥溶解血栓作用，不过使用时机等也有严格要求。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A₂的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议脑梗患者长期小剂量服用，但有胃肠道出血风险的患者需谨慎使用，且要注意可能增加出血倾向。氯吡格雷： 也是常用抗血小板药物，作用机制与阿司匹林不同，可抑制血小板表面的ADP受体，阻止血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可考虑使用，但同样需关注出血等不良反应。
神经保护类药物
依达拉奉： 具有清除自由基、减轻神经细胞损伤的作用。可用于改善急性脑梗死所致的神经症状、日常生活活动能力和功能障碍等。一般通过静脉滴注给药，使用过程中要注意肾功能等情况。胞磷胆碱钠： 可以改善脑组织代谢，促进大脑功能恢复，对脑血管病引起的神经系统后遗症有一定的改善作用，可通过静脉或口服给药。