出生3天婴儿呛奶可能由多种原因引起，常见的有以下几种情况：
一、喂养姿势不当
婴儿食管短且呈水平位，若喂养时姿势不正确，如平躺喂奶，奶液易反流进入气管导致呛奶。此阶段婴儿吞咽功能尚不完善，不当姿势易引发呛咳。
二、奶流速过快
母乳喂养时，若奶阵来临时奶流速过快，婴儿来不及吞咽就可能呛奶；人工喂养时，奶瓶奶嘴孔过大也会使奶流速过快，导致婴儿呛奶。这与婴儿此时的吞咽协调能力有关。
三、婴儿自身生理特点
婴儿的会厌软骨发育不完善，在吞咽时可能不能很好地保护气道，使得奶液容易误入气管引起呛奶。这是婴儿生长发育过程中的正常阶段性生理现象。
四、胃食管反流
出生3天的婴儿胃呈水平位，且食管下括约肌发育不成熟，容易出现胃食管反流，反流的奶液刺激咽喉可引发呛奶。这与婴儿的消化系统解剖生理特点相关。