吃紧急避孕药可能会带来一些副作用。一般来说，服用紧急避孕药后约有10%左右的人可能会出现月经紊乱，比如月经提前或推迟。
胃肠道方面的副作用
恶心呕吐： 部分人服用紧急避孕药后会出现恶心症状，有的还可能伴随呕吐，一般在服药后的几小时内出现，不过大多症状较轻，持续时间较短，通常不超过24小时。肠胃不适： 还可能有腹痛、腹泻等肠胃不适的情况，这是因为药物对胃肠道产生了一定刺激，但多数人症状不严重，能自行缓解。
内分泌系统的影响
激素水平波动： 紧急避孕药含有高剂量的孕激素，会影响体内正常的激素水平。比如可能导致雌激素相对不足，进而影响内分泌平衡。一般这种激素水平的波动在1 - 2个月内会逐渐恢复，但恢复时间因人而异。月经周期改变： 除了月经紊乱，还可能使月经周期变长或变短，有的女性服药后月经周期会偏离正常的28 - 30天，出现周期延长至40天以上或者缩短至20天左右的情况。
其他可能的副作用
头晕乏力： 有些人服用后会有头晕、乏力的感觉，这是因为药物对神经系统有一定影响，一般休息后可缓解，但在头晕乏力期间可能会影响正常的日常活动，比如工作、学习时可能会精神不佳。乳房胀痛： 少数人会出现乳房胀痛的情况，这是由于药物影响了乳腺组织的激素水平，不过这种胀痛大多比较轻微，不会持续很长时间。