例假干净三天后流褐色分泌物可能由多种原因引起，比如排卵期出血，一般量少，持续2~3天左右。如果是这种情况，通常不需要特殊治疗。但也可能是妇科炎症、内分泌失调等原因导致。
妇科炎症因素
阴道炎： 如细菌性阴道炎，除了有褐色分泌物，还可能伴有阴道分泌物增多、有鱼腥味等症状。需做白带常规检查，明确病原菌后针对性处理。一般可遵医嘱使用甲硝唑等药物局部或全身治疗。宫颈炎： 慢性宫颈炎患者可能出现例假干净后流褐色分泌物，还可能有白带增多、性交后出血等表现。可通过妇科检查、宫颈TCT（薄层液基细胞学检测）等明确病情，轻度宫颈炎可局部使用消糜栓等药物，严重的可能需要物理治疗。
内分泌失调方面
黄体功能不全： 女性黄体期孕激素分泌不足，会导致子宫内膜分泌反应不良，引起例假干净后有褐色分泌物。可通过检查性激素六项等明确，一般可在医生指导下补充黄体酮等孕激素治疗。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都可能影响内分泌，导致月经周期和经后分泌物异常。需要检查甲状腺功能，根据结果进行相应的调节治疗，如甲状腺功能减退可补充左甲状腺素钠片等。
其他可能情况
子宫内膜息肉： 子宫内膜局部过度生长形成息肉，也会出现例假干净后流褐色分泌物，可能还伴有月经量增多、经期延长等。可通过超声检查、宫腔镜检查等确诊，小的息肉可暂时观察，大的息肉可能需要宫腔镜下息肉摘除术。子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响子宫收缩，导致例假干净后仍有异常分泌物。可通过超声等检查发现，根据肌瘤大小、症状等采取药物治疗或手术治疗，如肌瘤较小无症状可定期复查，较大或症状明显可能需手术剔除肌瘤。