脑干梗塞患者的存活时间差异较大，一般来说，约有半数以上的脑干梗塞患者在发病后数天至数周内死亡，而存活下来的患者中，约有1/3的人可恢复一定的生活自理能力，但也有部分患者会遗留严重的后遗症，如长期卧床、认知障碍等。不过，具体的存活时间受到多种因素影响。
影响存活时间的因素一：梗塞面积大小
小面积脑干梗塞：如果脑干梗塞的面积较小，对脑干功能的影响相对较轻，患者及时接受规范治疗后，预后相对较好，存活时间可能较长，甚至有可能接近正常人的寿命，但也需要长期进行康复等后续干预。大面积脑干梗塞：当脑干梗塞面积较大时，会严重影响脑干的正常功能，如呼吸、心跳等重要生命中枢可能受到明显影响，患者随时可能面临生命危险，存活时间往往较短，有的可能在发病后数小时至数天内死亡。
影响存活时间的因素二：治疗是否及时
发病后6小时内及时治疗：如果脑干梗塞患者能在发病后6小时内得到及时有效的溶栓、取栓等治疗，使堵塞的血管再通，减少脑干组织的缺血坏死范围，那么患者的预后通常较好，存活时间会大大延长，并且恢复良好的可能性也相对较大。治疗不及时：若患者就诊时间较晚，错过了最佳治疗时机，脑干组织因长时间缺血缺氧导致大量坏死，会严重影响患者的生命体征和神经功能恢复，存活时间会明显缩短，而且即使存活，也往往会遗留严重的残疾。
影响存活时间的因素三：基础健康状况
基础健康状况良好：如果患者本身没有其他严重的基础疾病，如严重的心肺疾病、肝肾疾病等，那么在发生脑干梗塞后，身体对疾病的耐受能力相对较强，经过积极治疗和康复，存活时间可能较长，并且有机会恢复一定的生活质量。有基础疾病的患者：如果患者本身合并有严重的基础疾病，如严重的冠心病、慢性肾衰竭等，那么在脑干梗塞发生后，身体的整体状况较差，各脏器功能相互影响，会进一步加重病情，导致患者的存活时间缩短，而且治疗过程中也会面临更多的风险和挑战。