扁桃体肥大的治疗需根据具体情况而定。一般来说，对于轻度扁桃体肥大且无明显症状的患儿，可先观察。而中重度扁桃体肥大，影响呼吸、吞咽等，可能需要手术治疗。
一、观察等待
如果扁桃体肥大程度较轻，孩子没有出现睡眠打鼾、呼吸暂停、吞咽困难等明显症状，可选择观察等待。但要注意让孩子避免反复感冒，因为反复的上呼吸道感染可能会加重扁桃体肥大。通常每3 - 6个月需复诊一次，由医生评估扁桃体肥大的变化情况。无症状轻度肥大： 对于5岁以下的孩子，扁桃体可能会有生理性肥大，部分孩子随着年龄增长会逐渐萎缩。如果孩子没有任何不适症状，只是体检发现扁桃体轻度肥大，可先不做特殊处理，密切观察其生长发育过程中扁桃体的变化。
二、药物治疗
药物治疗主要用于扁桃体肥大伴有炎症感染的情况。当扁桃体因细菌感染出现红肿、疼痛等炎症表现时，可使用抗生素治疗。常用的抗生素有青霉素类，如阿莫西林等，但要注意如果孩子对青霉素过敏，则需选用其他合适的抗生素，如头孢类抗生素等。细菌感染引发炎症： 当扁桃体肥大是由细菌感染导致扁桃体炎发作时，需要使用抗生素控制感染。一般用药疗程通常为7 - 10天，要严格按照医生的嘱咐用药，不能自行停药，以免炎症反复。同时，可配合使用一些局部漱口液，如复方硼砂含漱液等，帮助清洁口腔，减轻局部炎症反应。
三、手术治疗
如果扁桃体肥大非常严重，已经严重影响孩子的呼吸、吞咽功能，或者扁桃体肥大反复发作，每年发作次数在7 - 8次及以上，持续2年以上，就可能需要考虑手术治疗。手术一般采用扁桃体切除术，目前多采用低温等离子切除等微创方法，手术创伤相对较小。手术指征明确： 当孩子因为扁桃体肥大出现睡眠中频繁打鼾、呼吸暂停，导致夜间缺氧，影响生长发育，或者因为扁桃体肥大导致吞咽困难，影响进食，严重影响生活质量时，就符合手术指征。手术一般建议在孩子6岁以后进行，但具体时间还需根据孩子的个体情况由医生评估决定。术后需要注意伤口护理，避免孩子剧烈咳嗽，饮食上先从冷流质食物开始，逐渐过渡到半流质、正常饮食。