怀孕两个月胎儿停止发育的原因包括胎儿染色体异常、母体有严重疾病、自身免疫性疾病以及胚胎质量不好等。
一、胎儿染色体异常。这可能源于胎儿存在遗传染色体遗传性疾病，或者出现染色体数目及基因片段的异常。在怀孕早期，如果受到病毒感染、寄生虫、药物以及放射线和化学物质等影响，还可能发生基因突变，进而导致两个月胎儿停止发育。(1)病毒感染可能对胎儿染色体造成损害。(2)某些药物的不当使用可能干扰染色体正常状态。(3)放射线和化学物质的接触也会增加染色体异常的风险。
二、有严重的母体疾病。当母体患有诸如严重贫血、肝肾功能不全、心肺功能不全，或是存在宫腔粘连、子宫内膜息肉、粘膜下子宫肌瘤等情况时，都可能引发怀孕两个月胎儿停止发育。(1)严重贫血会影响母体对胎儿的供养能力。(2)肝肾功能不全会使母体代谢等功能异常，影响胎儿发育环境。(3)宫腔粘连等子宫异常会直接干扰胎儿的生长空间。
三、自身免疫性疾病。如果母体自身有抗磷脂综合症、再生障碍性贫血或者封闭抗体异常等病症时，也会造成怀孕两个月胎儿停止发育。(1)抗磷脂综合症可影响胎盘功能。(2)再生障碍性贫血会导致母体自身健康及胎儿供养出现问题。
四、胚胎质量不好。男子弱精会致使精子质量不高，从而出现胚胎质量不好的现象，这也容易引起胎停。(1)弱精会使形成的胚胎先天不足。(2)胚胎质量不佳使其难以正常发育。
总之，怀孕两个月胎儿停止发育是多种因素综合作用的结果，在备孕和孕期都需要格外注意，及时发现问题并采取相应措施。