指甲缝隙疼痛可能由指甲修剪太短、外伤、甲沟炎等因素所致，需在医生指导下进行相应治疗，具体如下。
一、指甲修剪太短：若修剪指甲时过于短，会使手指局部失去指甲保护，在摩擦或工作时便会出现局部疼痛。通常无需特殊治疗，只需做好局部护理，待指甲生长出来，情况会逐渐改善。
二、外伤：大拇指受到外伤后，局部软组织会有疼痛、肿胀等表现。可通过冷敷的方式来缓解不适。
三、甲沟炎：患者大拇指若出现甲沟炎，局部软组织受炎症感染后会出现红肿及疼痛症状。若是甲沟炎导致的，可在医生指导下使用鱼石脂软膏、阿莫西林胶囊、醋酸氯己定溶液等药物进行治疗。
此外，还有可能是脓性指头炎等原因引起，这就需要及时就医，进行针对性治疗。
总之，当指甲缝隙出现疼痛时，要明确原因，然后根据具体情况选择合适的治疗方法。