长期偏头痛的原因较为复杂，可能与遗传、神经细胞兴奋性紊乱以及血管舒缩功能障碍等多种因素有关。据统计，约60%的偏头痛患者有家族史。
遗传因素：家族遗传倾向明显
基因遗传： 研究表明，偏头痛具有一定的遗传易感性。如果家族中有直系亲属患有偏头痛，那么其他家庭成员患长期偏头痛的风险会相对较高。例如，父母一方患有偏头痛，子女患病概率比常人高出2-3倍；若父母双方都患病，子女患病概率则会更高。遗传方式： 目前认为偏头痛的遗传方式可能是多基因遗传，即多个基因的变异共同作用增加了患病风险，但具体的遗传机制还在进一步研究中。
神经细胞兴奋性紊乱：神经信号传递异常
神经递质失衡： 体内一些神经递质的失衡与长期偏头痛密切相关。比如，血清素是一种对神经传导有重要作用的神经递质，当血清素水平异常时，容易引发偏头痛。当血清素含量降低时，可能导致头部血管收缩功能出现障碍，进而诱发偏头痛反复发作。神经细胞异常放电： 大脑中的神经细胞如果出现异常放电情况，也可能导致长期偏头痛。神经细胞的异常放电会干扰正常的神经信号传递，使得头部的神经调节出现紊乱，从而引发持续或反复的偏头痛症状。
血管舒缩功能障碍：血管调节出问题
血管收缩与舒张异常： 头部血管的正常舒缩功能对于维持脑部血液供应和神经调节至关重要。当血管舒缩功能出现障碍时，比如血管过度收缩或舒张不协调，就容易引发偏头痛。例如，在偏头痛发作时，头部的动脉可能先出现收缩，导致局部脑组织缺血，随后动脉又扩张，引起头痛等一系列症状，而且这种异常的血管舒缩可能会反复发生，导致长期偏头痛的出现。血管内皮功能异常： 血管内皮细胞对于血管的正常功能起着重要作用。如果血管内皮功能出现异常，会影响血管的弹性和调节能力，进而增加长期偏头痛的发生风险。血管内皮功能异常可能导致血管收缩物质和舒张物质的平衡被打破，使得血管舒缩功能进一步紊乱，从而促使偏头痛长期存在。