肛门指检的时间通常比较短，一般在几秒钟到1~2分钟左右。
检查环境影响时间
在安静、舒适且相对私密的检查环境中，医生进行肛门指检时，操作会比较顺利，时间可能相对较短，大概几秒钟就能完成基本的检查。但如果检查环境嘈杂，患者心理紧张，可能会延长检查时间，不过这种情况一般也不会超过2分钟。
患者自身状况影响
正常身体状况
对于身体状况良好、肛门没有特殊病变且配合度高的患者，肛门指检时间较短，可能在1分钟内就能完成，医生能快速触摸到肛门、直肠的基本情况，如有无肿物、狭窄等。
特殊身体状况
如果患者肛门存在病变，比如有严重的痔疮、肛裂等情况，医生在进行肛门指检时需要更细致地探查，时间可能会稍长一些，但一般也不会超过2分钟。不过如果是病情复杂，需要更精准判断的情况，可能会稍微延长一点，但通常也不会超过2分钟太多。
医生操作熟练程度影响
经验丰富的医生
经验丰富的医生进行肛门指检时，动作娴熟，能够快速、准确地完成检查，时间往往在较短范围内，可能1分钟左右就能完成全面的肛门和直肠部位的检查，包括对肠道黏膜、有无异常结节等情况的查看。
新手医生
新手医生在进行肛门指检时，可能需要花费更多时间来熟悉操作，仔细确认各个部位的情况，不过一般也会在2分钟内完成基本的肛门指检操作，当然在熟练程度提升后，时间也会逐渐缩短到正常范围。