虫牙的治疗方式需根据龋坏程度来定。一般浅龋和中龋可以通过补牙来解决，而深龋可能需要先安抚再补牙，严重的牙髓炎或根尖周炎则需要做根管治疗。
补牙修复
浅龋处理： 当虫牙还处于浅龋阶段，牙齿表面只是有轻微的脱矿，这时候医生会用专业的工具去除龋坏组织，然后用补牙材料进行填充。常用的补牙材料有树脂材料等，操作相对简单，一般一次就诊就能完成。中龋处理： 中龋时龋坏已经到达牙本质浅层，这时候也需要去除龋坏组织后用补牙材料填充。和浅龋类似，也是通过补牙来恢复牙齿的外形和功能。
根管治疗
牙髓炎情况： 如果虫牙已经发展到牙髓炎阶段，牙髓受到感染，这时候就需要做根管治疗。首先要打开牙髓腔，去除感染的牙髓组织，然后进行根管的清理、消毒，最后再填充根管并补牙。根管治疗一般需要就诊2 - 3次。根尖周炎情况： 当虫牙引发根尖周炎时，根尖周围组织受到炎症影响，同样需要进行根管治疗。要彻底清除根管内的感染物，消除根尖周的炎症，之后再进行填充等操作。
窝沟封闭预防
儿童适用： 对于儿童新萌出的恒磨牙，如果窝沟比较深，容易发生虫牙，这时候可以进行窝沟封闭。窝沟封闭是用一种树脂材料涂布在窝沟处，形成一层保护屏障，阻止细菌和食物残渣进入窝沟，从而预防虫牙的发生。一般儿童在6 - 8岁左右乳磨牙替换后可以做第一恒磨牙的窝沟封闭，12 - 13岁左右第二恒磨牙萌出后也可以做窝沟封闭。成人也可考虑： 成人如果有深的窝沟，也可以考虑窝沟封闭来预防虫牙。不过成人做窝沟封闭相对儿童来说效果可能会稍差一些，但对于一些窝沟较深的牙齿还是有一定预防作用。