黄连上清丸具有清热通便、散风止痛的功能。一般用于上焦风热所致的头晕目眩、牙齿疼痛、口舌生疮、咽喉肿痛、耳痛耳鸣、大便秘结、小便短赤等。
用于清热通便方面
黄连上清丸能有效缓解因内热引起的大便秘结情况。比如一些人由于体内火气较旺，导致肠道燥热，出现排便困难，大便干结的症状，服用黄连上清丸后，可起到清热泻火，促使肠道通畅的作用。
用于散风止痛方面
缓解头晕目眩
当人体受到风热侵袭，出现头晕目眩的症状时，黄连上清丸可以发挥散风的功效，帮助减轻头部因风热上扰引起的眩晕感。例如外感风热之邪，上犯头目，导致头目不清，出现头晕目眩，服用该药能改善这种不适。
减轻牙齿疼痛
对于风火上攻引发的牙齿疼痛，黄连上清丸有一定的止痛作用。像一些人因风火之邪侵袭，出现牙龈肿痛、牙齿疼痛，服用后能起到散风止痛的效果，缓解牙齿部位的疼痛不适。
改善口舌生疮与咽喉肿痛
在口舌生疮方面，由于上焦风热导致口舌生疮，黄连上清丸可清热泻火，促进口舌生疮的愈合。而对于咽喉肿痛，因风热之邪导致的咽喉红肿疼痛，该药能散风清热，减轻咽喉部位的肿痛症状，使咽喉恢复舒适。
缓解耳痛耳鸣
当风热之邪影响耳部，出现耳痛耳鸣时，黄连上清丸的散风止痛功效也能发挥作用，帮助减轻耳痛耳鸣的症状。不过，孕妇忌服黄连上清丸，脾胃虚寒者禁用。在服用黄连上清丸期间，忌烟、酒及辛辣食物；不宜在服药期间同时服用滋补性中药。