女性上尿路感染常用的药物有喹诺酮类、半合成青霉素类、头孢菌素类等。一般来说，通过规范用药，多数患者能在较短时间内改善症状。
喹诺酮类药物
诺氟沙星： 属于广谱抗菌药，对大肠杆菌、克雷伯菌属、奇异变形杆菌等有较强抗菌活性，可用于治疗女性上尿路感染。但18岁以下青少年禁用，因为可能影响骨骼发育。氧氟沙星： 对革兰阴性菌和阳性菌都有作用，对肠道杆菌、绿脓杆菌、淋球菌等也有抗菌活性，能有效针对上尿路感染的常见致病菌。
半合成青霉素类药物
阿莫西林： 抗菌谱较广，对肺炎链球菌、溶血性链球菌等革兰阳性球菌有较好的抗菌作用，可用于敏感菌引起的上尿路感染。不过对青霉素过敏者禁用。氨苄西林： 对革兰阳性菌中的金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌等，以及革兰阴性菌中的流感嗜血杆菌、大肠埃希菌等有抗菌作用，能用于女性上尿路感染的治疗，但也有过敏风险，用药前需做青霉素皮试。
头孢菌素类药物
头孢拉定： 第一代头孢菌素，对革兰阳性菌有较好的抗菌活性，对部分革兰阴性菌也有作用，可用于治疗女性上尿路感染。肾功能减退者需减量使用。头孢呋辛： 第二代头孢菌素，对革兰阳性菌的抗菌活性与第一代头孢菌素相似或略差，但对革兰阴性菌的作用较强，能有效对抗引起上尿路感染的多种病菌，孕妇及哺乳期妇女用药需谨慎，应在医生指导下使用。