初生婴儿黄疸高可能会带来多方面危害，比如胆红素脑病，这是比较严重的情况。一般来说，当血清胆红素水平过高时，未结合胆红素可能会通过血 - 脑屏障，损伤脑细胞。
对神经系统的影响
影响神经功能： 胆红素脑病早期可能表现为嗜睡、吸吮反射减弱、肌张力减退等。如果没有及时处理，病情进一步发展，就会出现双眼凝视、抽搐、角弓反张等严重症状。例如，一些研究发现，当血清胆红素超过一定数值（如足月儿血清胆红素超过342μmol/L）时，就比较容易发生胆红素脑病相关的神经系统损伤。长期后遗症： 即使经过治疗病情得到控制，也可能留下长期的神经系统后遗症，像运动障碍、智力低下、听力障碍、眼球运动障碍等。有的孩子可能在长大后出现注意力不集中、学习困难等问题。
对肝脏的影响
加重肝脏负担： 初生婴儿的肝脏功能还不完善，黄疸高会让肝脏持续处于处理过多胆红素的状态，影响肝脏正常的代谢和解毒功能。长时间的高黄疸可能会导致肝脏细胞受损，影响肝脏的正常结构和功能，进而可能影响婴儿整个身体的代谢平衡。影响胆红素代谢循环： 正常情况下，肝脏参与胆红素的摄取、结合和排泄等过程来维持胆红素的平衡。黄疸高时，这个循环被打乱，会进一步阻碍胆红素的正常代谢，形成恶性循环，使得黄疸难以消退，加重肝脏的不良状况。
对血液系统的影响
破坏红细胞： 高黄疸可能会引起红细胞的破坏增加。因为胆红素过高会对红细胞膜产生一定的损伤作用，导致红细胞破裂，释放出血红蛋白等成分。这会使婴儿的贫血情况可能加重，影响氧气的运输和供应，进而影响婴儿的生长发育和各器官的功能。影响凝血功能： 胆红素升高可能会干扰凝血因子的正常合成等过程，从而影响婴儿的凝血功能。表现为皮肤容易出现瘀斑、瘀点等，严重时可能会有消化道出血等更严重的凝血相关问题。