药流后来月经一直不干净，常见原因有药流不全、内分泌紊乱、子宫腺肌症、妇科炎症等。具体如下：
一、药流不全：药流时虽可见妊娠产物排出，但宫内可能残留绒毛组织或蜕膜组织，若绒毛、蜕膜与子宫壁黏贴紧密，流产后可能无明显阴道出血。来月经时，因雌孕激素撤退致子宫内膜脱落，残留组织与子宫壁剥离，剥离不全则血窦开放，表现为月经一直不干净。所以药流后应定期进行B超检查和血HCG检查，若有流产不全，可行再次清宫。
二、内分泌紊乱：女性内分泌受下丘脑-垂体-卵巢轴影响，且肾上腺、甲状腺等内分泌器官也会作用于该轴从而影响月经。内分泌紊乱常见症状有月经异常（如月经一直不干净）、肥胖等。出现这种情况可进行性激素六项检查，日常生活中要注意休息、避免过度劳累、加强营养等。
三、子宫腺肌症：病因尚不明确，可能与宫腔操作史、高雌激素血症、高泌乳素血症、子宫内膜炎症、遗传因素等有关。常见症状为月经延长（即月经一直不干净）、痛经、子宫增大，甚至可导致不孕和贫血。治疗需结合患者年龄、症状、生育要求等，常见处理方法有：
1.药物治疗：
(1)甾体激素类药物；
(2)非甾体类抗炎镇痛药；
(3)促性腺激素释放激素激动剂；
(4)选择性孕激素受体调节剂等。
2.手术治疗：
(1)全子宫切除术；
(2)子宫腺疾病病灶切除术；
(3)子宫内膜切除术；
(4)高强度聚焦超声消融术等。
3.其他治疗：如宫内节育器等。
四、妇科炎症：常与妇科操作、性交感染、性卫生不良、雌激素水平降低等有关，常表现为下腹痛、阴道出血（如月经一直不干净）等。建议完善相关检查以明确病菌种类，针对具体病菌采取合适治疗，如抗真菌药物（如氟康唑）、抗细菌药物（如头孢克肟、头孢曲松、甲硝唑等）、其他病原菌抗菌药物（如阿奇霉素、克拉霉素等）。
总结概况提示：药流后来月经不干净可能由多种原因导致，包括药流不全、内分泌紊乱、子宫腺肌症和妇科炎症等，需根据具体情况进行相应检查和治疗。