检查内分泌六项的最佳时间需依据患者病情来确定。
一、若患者要检查基础内分泌，最佳时间是在来月经的第2至3天，且需空腹抽血检查。因为此时处于月经周期的早期阶段，体内激素水平相对稳定，能较为准确地反映出基础内分泌状态。
二、若患者长时间不来月经，且药物治疗效果不佳，B超检查提示子宫内膜在0.2至0.3厘米左右，那么患者可随时抽血进行基础内分泌检查。这种情况下，由于月经长时间不来，子宫内膜较薄，此时进行检查也能获得较为可靠的基础内分泌信息。
三、若患者重点想检查黄体功能，建议在来月经前7天左右空腹抽血检查内分泌六项。这个时间点可以较好地评估黄体功能状况。
在检查内分泌六项时还需注意以下几点：最好选择在上午9至11点之间抽血；检查之前要空腹8至10小时；不能触摸乳房，因为性激素六项中有泌乳素检查，而泌乳素是应急性激素，触摸乳房会影响其水平；情绪必须保持平稳，情绪激动或休息不好同样会对泌乳素水平产生影响。
总之，检查内分泌六项的时间选择要根据具体病情，同时要注意相关的检查事项，以确保检查结果的准确性。