增强磁共振造影剂的副作用相对较少，但仍需关注。一般来说，大部分人使用增强磁共振造影剂后不良反应较轻，但也有少数人可能出现不同程度的副作用。
过敏相关副作用
轻度过敏反应：可能出现皮肤瘙痒、红斑、轻度荨麻疹等表现，一般在检查后较短时间内（数分钟至数小时）出现，通过适当处理多可缓解。重度过敏反应：较为罕见，但一旦发生可能很严重，如出现呼吸困难、喉头水肿、过敏性休克等，需要立即进行抢救处理。
肾脏相关副作用
对肾功能的影响：对于肾功能不全的患者，使用增强磁共振造影剂可能会加重肾脏负担，导致肾功能进一步恶化。不过，现在使用的造影剂大多是低渗透压或等渗透压的，相对来说对肾功能正常人群的影响较小，但仍建议肾功能不全患者在使用前与医生充分沟通，评估风险。
其他少见副作用
胃肠道反应：个别人可能出现恶心、呕吐、腹痛等胃肠道不适症状，但发生概率较低。头痛：少数人在使用增强磁共振造影剂后可能出现头痛症状，一般程度较轻，多数可自行缓解。在使用增强磁共振造影剂前，医生会详细询问患者的病史，包括过敏史、肾功能情况等，以评估患者使用造影剂的风险。对于有高危因素的患者，可能会采取相应的预防措施，如提前进行水化等，来降低副作用发生的可能性。