肛瘘通常很难自愈。有时可能出现肛瘘病情较轻，瘘管管腔较细且短，在原发疾病（如肛周脓肿等）治愈后，病情进展得到控制，随后较长时间无明显症状。但这并非真正自愈，而只是症状暂时缓解，肛瘘瘘管依然存在，仍有复发可能，需到医院进行检查，如肛门指检及肛门镜检查来明确诊断。
肛瘘多是因肛门直肠脓肿破溃或切开引流后形成持续不愈的管腔，腔道周围有疤痕组织，成为慢性感染性管道。体表触摸可发现管隙，伴有瘘管外口流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，局部会有疼痛、瘙痒等症状。
一旦确诊为肛瘘，一般需要手术治疗才能痊愈。手术的原则是将瘘管全部切开，必要时切除瘘管周围瘢痕组织以促使切口自基底向上愈合。根据瘘管的深浅、曲直情况，可选择挂线疗法、肛瘘切开或切除术等不同术式。
总之，肛瘘自愈的情况极为少见，即便看似无症状也不能掉以轻心，要及时检查明确，且手术是主要的治疗方法。