马拉色菌性毛囊炎主要通过抗真菌药物治疗，一般规范治疗后可取得较好效果。
外用抗真菌药物选择
酮康唑洗剂： 可抑制马拉色菌生长，洗澡时将洗剂涂抹在患处，停留5 - 10分钟后洗净，每周使用2 - 3次。联苯苄唑乳膏： 属于外用抗真菌药，每天早晚各涂抹一次于患处，持续使用2 - 4周左右，能有效抑制马拉色菌。
口服抗真菌药物应用
伊曲康唑： 是常用的口服抗真菌药，对于病情较重的患者可考虑使用，一般需要按疗程服用，但要注意其可能对肝脏有一定影响，用药期间需定期监测肝功能。氟康唑： 也可用于马拉色菌性毛囊炎的治疗，同样要关注可能的肝肾功能影响，根据病情遵医嘱服用。
日常护理注意事项
保持皮肤清洁干燥： 患者要勤洗澡，特别是在出汗较多后，建议使用温和的沐浴产品清洁皮肤，洗完澡后要及时擦干身体，尤其是胸背部等容易长马拉色菌性毛囊炎的部位，保持皮肤干燥，因为马拉色菌在潮湿环境中容易繁殖。衣物选择： 穿着宽松、透气的棉质衣物，避免穿着紧身、不透气的化纤衣物，防止局部皮肤长时间处于闷热、潮湿的环境中，减少马拉色菌滋生的机会。
饮食方面的调节
避免高糖高脂食物： 高糖高脂食物可能会促进马拉色菌的生长繁殖，所以要减少摄入糖果、油炸食品、动物油等。例如，每天摄入的糖类最好控制在一定量内，避免过多食用蛋糕、奶油等含糖高的食物；减少食用炸鸡、薯条等油炸高脂食品。多吃蔬菜水果： 蔬菜水果富含维生素等营养物质，有助于增强身体免疫力，像苹果、橙子、菠菜、西兰花等蔬菜水果可以多吃，维持身体的正常代谢，辅助病情恢复。