唇腭裂的造成原因较为复杂，目前研究认为主要与遗传因素和环境因素有关。据统计，约有20% - 30%的唇腭裂患儿存在家族遗传倾向，如果家族中有亲属患有唇腭裂，那么后代患病风险会相对增加。
遗传因素方面
基因层面影响： 多项研究发现，唇腭裂是一种多基因遗传性疾病，涉及到多个基因的突变或异常表达。例如，一些与胚胎发育过程中面部结构形成相关的基因，如MSX1、IRF6等基因发生突变时，就可能增加唇腭裂发生的概率。如果父母一方携带相关致病基因，遗传给子女的概率大约在4% - 6%左右；若父母双方都携带相关致病基因，子女患病概率会升高至10% - 15%。家族聚集性： 在有唇腭裂患者的家族中，若近亲结婚，后代患唇腭裂的风险会进一步提高。因为近亲结婚会使相同致病基因相遇的概率增加，从而加大了遗传发病的可能性。
环境因素方面
孕期感染： 女性在怀孕期间如果感染了某些病毒，如风疹病毒，在怀孕早期（一般是怀孕3 - 8周，这个时期是胎儿面部器官发育的关键阶段）感染风疹病毒，胎儿患唇腭裂的风险会明显增加。有研究表明，孕期感染风疹病毒的孕妇，其胎儿发生唇腭裂的概率比未感染孕妇高2 - 3倍。孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触一些有害物质也可能导致胎儿唇腭裂。比如长期接触农药、铅等有毒物质，或者处于高辐射环境中。如果孕妇长期处于含有农药残留的环境中工作，胎儿唇腭裂的发生风险会比正常环境下高出约20%；长期接触铅的孕妇，胎儿患唇腭裂的概率也会显著上升。孕期营养缺乏： 孕妇在孕期如果缺乏某些重要营养素，也可能影响胎儿面部发育，增加唇腭裂发生风险。例如缺乏叶酸，叶酸对于胚胎的正常发育至关重要，尤其是在神经管和面部结构发育时期，孕期叶酸缺乏可能使胎儿唇腭裂的发生率增加约50%左右。另外，缺乏维生素A、维生素B等营养素也可能对胎儿面部发育产生不良影响。