怀孕49天时B超显示宫内暗区，可能是以下原因导致：
1.孕囊：怀孕49天时，B超显示宫内暗区可能是孕囊，但由于怀孕时间较短，孕囊内还没有胎芽和胎心搏动。通常情况下，孕囊会在怀孕7周左右出现胎芽和胎心搏动。如果没有其他异常情况，建议在1-2周后复查B超，以确定孕囊的发育情况。
2.先兆流产：如果孕妇出现腹痛、阴道流血等先兆流产症状，B超检查可能会发现宫内暗区。这可能是由于孕囊发育不良、孕激素水平低等原因导致的。需要注意的是，先兆流产的宫内暗区通常伴有阴道流血等症状，如果只是单纯的宫内暗区，没有其他异常情况，不一定是先兆流产。
3.异位妊娠：异位妊娠是指受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢、腹腔等。如果是异位妊娠，B超检查也可能会发现宫内暗区。此外，异位妊娠还可能伴有腹痛、阴道流血等症状，如果出现这些症状，需要及时就医，以排除异位妊娠的可能。
4.其他：除了上述原因外，宫内暗区还可能是其他原因导致的，如子宫肌瘤、子宫内膜息肉等。如果孕妇有其他病史或症状，医生可能会进一步进行检查，以明确宫内暗区的原因。
需要注意的是，B超检查只是一种辅助诊断方法，最终的诊断结果需要结合临床症状、实验室检查等综合判断。如果孕妇对B超结果有疑问或担忧，建议及时咨询医生，以便得到更详细的解释和建议。此外，孕妇在怀孕期间应注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持良好的心态，有助于胎儿的健康发育。