多系统萎缩目前尚无特效治愈方法，主要是针对症状进行对症治疗。一般来说，治疗多系统萎缩需要综合多方面措施。
药物对症治疗
对于自主神经功能障碍相关症状，比如低血压，可能会使用米多君等药物来尝试提升血压；对于帕金森综合征样表现，像震颤、运动迟缓等，可使用左旋多巴制剂等药物来改善运动症状，但效果可能不如帕金森病患者理想。不过药物治疗主要是缓解部分症状，无法阻止疾病进展。
康复训练干预
平衡功能训练： 多系统萎缩患者常出现平衡障碍，容易摔倒，所以需要进行平衡功能训练。可以在专业康复师指导下，从简单的静态平衡训练开始，比如让患者双脚并拢站立，逐渐过渡到动态平衡训练，像在平行杠内行走、借助平衡板训练等，一般建议每周进行3 - 5次康复训练，每次30分钟左右，长期坚持有助于改善平衡能力，降低跌倒风险。呼吸功能训练： 部分患者会出现呼吸功能障碍，需要进行呼吸功能训练。例如腹式呼吸训练，每天早晚各进行一次，每次10 - 15分钟，通过缓慢吸气、呼气，增加肺活量，改善呼吸功能。
生活照护要点
饮食方面： 要保证营养均衡，对于吞咽困难的患者，需要调整饮食质地，选择易吞咽的食物，如糊状食物等，避免呛咳。同时，要注意补充足够的水分，每天保证摄入1500 - 2000毫升的水，但要避免一次性大量饮水。日常起居： 居住环境要进行适老化改造，比如在卫生间安装扶手，卧室地面保持平坦无障碍物等，方便患者日常起居活动。对于行动不便的患者，要定期帮助翻身、拍背，预防压疮和肺部感染等并发症。