卵巢系膜囊肿是否会自己消失不能一概而论。
生理性卵巢系膜囊肿
部分生理性的卵巢系膜囊肿有可能自行消失。比如卵泡囊肿，在月经周期中，卵泡发育成熟后未排卵形成的囊肿，有的可随月经周期的变化自行消退，一般在几个月经周期内可能消失。
非生理性卵巢系膜囊肿
非生理性的卵巢系膜囊肿通常不会自己消失。像卵巢浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等，这些病理性囊肿一般需要通过医疗干预来处理，不会自行消退。对于青春期女性发现卵巢系膜囊肿，要密切观察其变化，因为青春期内分泌波动可能影响部分生理性囊肿，但也要警惕病理性情况；对于育龄期女性，若囊肿持续存在或有增大趋势，需进一步检查明确性质；绝经后女性出现的卵巢系膜囊肿，由于绝经后卵巢功能衰退，非生理性囊肿更应重视，多需积极处理。