腱鞘囊肿的治疗方法有多种，一般较小的囊肿有可能自行消退，比如部分无症状的腱鞘囊肿可能在数月内自然消失。
非手术治疗方法
挤压法
徒手挤压： 医生可以通过手法将腱鞘囊肿挤压破裂，让其逐渐被机体吸收。这种方法简单，但有一定复发概率，对于一些较小且位置较表浅的囊肿可能有效。借助工具挤压： 有时会借助钝性器械等辅助挤压，但要注意操作规范，避免损伤周围组织。
穿刺注药法
药物注射： 可向囊肿内注射糖皮质激素等药物，如曲安奈德等。注射药物的目的是促使囊肿纤维化粘连，从而使囊肿消退。不过注射后可能会有局部疼痛等不适，且也存在一定复发可能。
手术治疗情况
适合手术的情况
囊肿较大且症状明显： 当腱鞘囊肿较大，影响关节活动，或者引起疼痛等明显症状，经非手术治疗无效时，就可以考虑手术治疗。例如囊肿直径超过1 - 2厘米，严重影响手部精细活动或者日常工作生活时。
手术方式
传统切开手术： 医生会切开皮肤，找到腱鞘囊肿，将其完整切除。这种手术可以比较彻底地去除囊肿，但术后需要一定时间恢复，可能会有切口感染等风险。微创手术： 相对传统手术创伤较小，通过小切口进入，用特殊器械去除囊肿。但微创手术对医生操作技术要求较高，适用于部分合适的腱鞘囊肿患者。
康复与注意事项
非手术治疗后的康复
适当活动： 在非手术治疗后，比如穿刺注药后，要注意适当进行关节的活动，但要避免过度活动导致囊肿复发。一般可以在医生指导下进行一些轻度的关节屈伸等康复锻炼。定期复查： 即使通过非手术方法治疗后，也需要定期复查，观察囊肿是否有复发等情况。
手术治疗后的注意事项
伤口护理： 手术治疗后要保持伤口清洁干燥，按照医生要求按时换药，防止伤口感染。一般术后1 - 2周左右根据伤口愈合情况拆线。避免过早负重： 手部的腱鞘囊肿手术术后，要避免过早进行手部的负重活动，让手部组织有足够时间恢复，通常需要2 - 4周左右根据恢复情况逐步增加活动量。