扁桃体有黑色东西的原因可能包括食物残留的颜色、慢性扁桃体炎、扁桃体囊肿等。具体如下：
一、食物残留的颜色：部分人有食用黑芝麻、黑豆、桑葚、血肠等颜色偏黑食物的习惯，食物残留可能会使扁桃体呈现黑色。这属于正常生理现象，通常不会伴有其他症状，饮食后多喝水一般可缓解，无需特殊处理。
二、慢性扁桃体炎：
1.口腔长期受辛辣食物刺激、熬夜、感冒等容易诱发扁桃体炎症。在炎症与细菌反复刺激下会导致扁桃体化脓，引起扁桃体局部细胞损伤，若有出血则可能出现黑色现象。
2.同时伴有咽喉不适、发干、口臭、瘙痒、刺激性咳嗽等症状。
3.治疗上常先采用温盐水漱口、清淡饮食、避免辛辣刺激食物、多喝水等措施，同时需在医生指导下口服阿莫西林胶囊、阿莫西林克拉维酸钾片、头孢克肟颗粒等进行抗炎治疗，若炎症症状反复发生则需行扁桃体切除。
三、扁桃体囊肿：
1.扁桃体表面有很多正常隐窝，当隐窝口分泌物潴留造成阻塞，就形成扁桃体囊肿。
2.若扁桃体囊肿发生液化或囊肿内有局部出血淤积，就会出现扁桃体发黑现象。
3.若囊肿较小且未引起任何症状，可暂时不处理，定期观察；若扁桃体囊肿较大并引起咽部异物感等症状，可通过离子扁桃体切除术、扁桃体囊肿切除术、扁桃体囊肿切开引流术等进行治疗。
总之，当发现扁桃体有黑色东西时，应根据具体情况进行分析判断，并采取相应的治疗措施。