月经呈咖啡色可能是多种原因引起的。一般来说，月经刚来或快结束时量少，在阴道内停留时间较长，血液氧化后可能呈现咖啡色，这种情况通常是正常的生理现象。
一、生理性因素
1. 月经初期或末期
月经初期时，子宫内膜脱落量较少，经血在宫腔或阴道内停留时间相对较长，血液中的铁元素被氧化，就会使月经呈现咖啡色，这种情况一般持续1 - 2天，量会逐渐增多恢复正常颜色。同样，月经末期时，经血量减少，也容易出现咖啡色月经。
2. 内分泌因素
女性体内激素水平的轻微波动也可能导致月经颜色改变。比如在排卵期，体内雌激素水平短暂下降，可能会引起少量子宫内膜脱落，导致月经出现咖啡色。这种情况一般持续时间较短，不超过7天。
二、病理性因素
1. 妇科炎症
盆腔炎： 盆腔内的炎症会影响盆腔的血液循环，导致经血排出不畅，经血在宫腔内停留时间延长，从而使月经呈现咖啡色。患者可能还伴有下腹部疼痛、腰骶部酸痛等症状。子宫内膜炎： 子宫内膜发生炎症时，局部血管通透性增加，可能会有少量出血，与白带混合后排出，表现为咖啡色月经，同时可能伴有月经经期延长、月经量增多等情况。
2. 内分泌失调
多囊卵巢综合征： 患者体内雄激素水平升高，会影响月经周期和月经量，导致月经稀发、经量减少，经血在宫腔内停留时间久就会变成咖啡色。这类患者往往还伴有多毛、肥胖、不孕等症状。甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都会影响内分泌系统，进而影响月经。甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，可能导致月经周期延长，经量减少，出现咖啡色月经；甲状腺功能亢进时，交感神经兴奋，也可能引起月经紊乱，出现经血颜色异常。
3. 其他因素
宫腔粘连： 人工流产、刮宫等宫腔操作可能导致宫腔粘连，使经血排出受阻，经血在宫腔内积聚，氧化后变成咖啡色。患者可能有既往宫腔操作史，且伴有周期性下腹部疼痛。子宫内膜结核： 结核杆菌感染子宫内膜后，会破坏子宫内膜组织，影响月经，导致月经量减少，月经颜色呈咖啡色，同时可能伴有低热、盗汗、乏力等全身症状。