肾积水通常是由尿路梗阻引起的，比如约有60%的肾积水是由尿路结石导致的，结石会堵塞输尿管，使得尿液排出受阻，进而引发肾积水。
一、泌尿系统自身病变引起
1. 输尿管病变： 输尿管狭窄是常见原因之一，先天性的输尿管狭窄较为多见，比如输尿管肾盂连接部狭窄，这会阻碍尿液从肾脏流向膀胱。另外，输尿管肿瘤也可能造成梗阻，肿瘤生长堵塞输尿管腔，影响尿液排出。2. 膀胱病变： 膀胱结石会引起膀胱出口梗阻，导致尿液无法顺利从膀胱排出，进而反流至输尿管、肾脏，引发肾积水。还有神经源性膀胱，由于支配膀胱的神经功能障碍，膀胱不能正常收缩排尿，也会造成尿液潴留，引起肾积水。
二、外部压迫导致
1. 盆腔疾病压迫： 女性的子宫肌瘤、卵巢囊肿等盆腔内的病变，可能会压迫输尿管，使输尿管管腔变窄，影响尿液通过，时间久了就容易引发肾积水。男性的前列腺增生也是常见原因，增生的前列腺会压迫尿道，导致膀胱出口梗阻，尿液排出不畅，进而影响到肾脏，引起肾积水，这种情况在50岁以上的男性中较为多见。2. 血管压迫： 如异位血管压迫输尿管，异常走行的血管可能会压迫输尿管，阻碍尿液流通，从而引发肾积水。
三、先天性因素所致
1. 肾盂输尿管连接部狭窄： 这是小儿肾积水最常见的先天性原因，胎儿在发育过程中，肾盂和输尿管连接的部位没有发育好，出现狭窄，导致尿液排出受阻，引起肾积水。2. 膀胱输尿管反流： 由于先天性的膀胱输尿管连接部抗反流机制发育不完善，尿液会从膀胱反流回输尿管甚至肾脏，长期反流就会造成肾积水。