表皮囊肿的治疗主要以手术切除为主，完整切除囊肿是关键，一般通过外科手术将囊肿及其包膜一起切除，复发几率相对较低。手术通常在局部麻醉下进行，门诊就可完成，整个手术过程一般较短，大概30~60分钟左右。
手术治疗情况
手术时机选择： 如果表皮囊肿没有明显症状且较小，可暂时观察；但如果囊肿不断增大，或出现疼痛、感染等情况，就需要及时手术切除。比如囊肿直径超过1厘米，或者影响到外观、功能时。术后注意事项： 术后要保持伤口清洁干燥，避免沾水，防止感染。一般术后7~10天拆线。同时，要注意观察伤口愈合情况，如果出现红肿、渗液等异常，应及时就医。
非手术治疗情况
药物治疗局限： 一般来说，药物对表皮囊肿的治疗效果不佳，不推荐常规使用药物来消除表皮囊肿。但如果囊肿发生感染，可在医生指导下使用抗生素类药物控制感染，不过这只是暂时缓解症状，不能从根本上解决囊肿问题。物理治疗情况： 如激光治疗等物理方法，对于较小的表皮囊肿有一定的治疗作用，但也存在复发的可能，而且对于较大的囊肿不太适用。
特殊人群注意事项
儿童患者： 儿童表皮囊肿手术时要更加谨慎，需要综合评估手术风险。如果是婴幼儿的表皮囊肿，要观察其生长变化，根据具体情况由医生判断何时进行手术合适，尽量选择对儿童身体影响较小的手术方式。老年患者： 老年患者可能伴有其他基础疾病，如糖尿病等，在手术前要控制好基础疾病，确保身体状况能耐受手术。术后要加强护理，预防并发症的发生，因为老年患者恢复相对较慢。