胃肠功能紊乱会出现多种症状。一般来说，胃肠功能紊乱的患者可能会有大约50%以上的人出现消化不良的表现，比如进食后上腹部饱胀、早饱感等。
消化系统相关症状
腹痛： 疼痛部位不固定，多为隐痛或胀痛，程度轻重不一，有的患者可能在进食后疼痛加重，但也有部分人疼痛与进食无关。比如有的患者会在肚脐周围出现间歇性的隐痛，持续时间可长可短。腹胀： 患者常自觉腹部胀满不适，尤其在进食后腹胀感更明显，可能会持续数小时甚至一整天。例如，吃了一顿普通餐食后，就会明显感觉肚子鼓鼓的，长时间不缓解。
肠道功能异常表现
腹泻： 有的患者会出现腹泻症状，大便次数增多，可能每天3 - 5次甚至更多，大便性状多为稀糊状，有时也会是水样便，但一般没有脓血。比如一些患者会在无明显诱因下，连续几天每天腹泻3 - 4次，大便不成形。便秘： 与腹泻相反，部分胃肠功能紊乱患者会出现便秘情况，大便干结，排便困难，每周排便次数少于3次。比如有的患者好几天才排便一次，而且排便时十分费力。
全身伴随症状
食欲不振： 患者往往没有明显的饥饿感，对食物的兴趣降低，进食量减少。比如原本很喜欢的饭菜，现在看到却没有想吃的欲望，进食量比平时明显减少。恶心呕吐： 部分患者会出现恶心的感觉，严重时可能会伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般不含有胆汁等其他物质。例如，有的患者在早晨起床后会有恶心感，偶尔会出现呕吐现象。