肩膀上长痘痘并伴有疼痛，可能是以下原因引起：
1.痤疮：痤疮是一种常见的皮肤病，好发于面部、背部和胸部等部位。如果肩膀上的痘痘是痤疮，可能会伴有疼痛和红肿。痤疮的发生与皮脂腺分泌过多、毛囊口角化堵塞、痤疮丙酸杆菌感染等有关。治疗痤疮可以外用维A酸乳膏、过氧化苯甲酰凝胶等药物，也可以口服抗生素、异维A酸等药物。
2.毛囊炎：毛囊炎是一种由细菌感染引起的皮肤病，可发生于身体任何有毛发的部位。如果肩膀上的痘痘是毛囊炎，可能会伴有疼痛和瘙痒。毛囊炎的发生与皮肤外伤、多汗、搔抓等有关。治疗毛囊炎可以外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物，也可以口服抗生素进行治疗。
3.疖肿：疖肿是一种由细菌感染引起的皮肤化脓性炎症，好发于头面部、颈部和背部等部位。如果肩膀上的痘痘是疖肿，可能会伴有疼痛和红肿。疖肿的发生与皮肤不洁、擦伤、机体抵抗力降低等有关。治疗疖肿可以外用鱼石脂软膏、莫匹罗星软膏等药物，也可以口服抗生素进行治疗。如果疖肿已经化脓，需要切开引流。
4.带状疱疹：带状疱疹是一种由水痘-带状疱疹病毒感染引起的皮肤病，好发于身体的一侧，呈带状分布。如果肩膀上的痘痘是带状疱疹，可能会伴有疼痛、瘙痒和灼热感。带状疱疹的发生与机体免疫力降低有关。治疗带状疱疹可以口服抗病毒药物、营养神经药物等，也可以外用炉甘石洗剂、阿昔洛韦乳膏等药物。
5.其他：肩膀上长痘痘并伴有疼痛，还可能是其他原因引起，如脂肪瘤、皮脂腺囊肿、皮肤纤维瘤等。
如果肩膀上的痘痘持续不愈或伴有其他症状，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。同时，要注意保持皮肤清洁，避免搔抓和挤压痘痘，避免食用辛辣刺激性食物。