小孩长期口腔溃疡可能由多种原因引起，比如缺乏维生素，据相关研究，儿童每日需要摄入一定量的维生素B₂、维生素C等，若长期摄入不足就易引发口腔溃疡。
缺乏营养因素
维生素缺乏： 当小孩体内缺乏维生素B₂时，就可能导致口腔溃疡反复出现。一般来说，正常儿童每日需要维生素B₂的摄入量在0.6 - 1.2毫克左右。而缺乏维生素C也可能引发口腔溃疡，正常儿童每日维生素C的适宜摄入量是60 - 100毫克。微量元素缺乏： 锌元素的缺乏也与小孩长期口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成，小孩缺锌时，会影响细胞的正常代谢，从而增加口腔溃疡发生的几率。正常儿童每日锌的适宜摄入量为10 - 14毫克。
口腔局部刺激
创伤性因素： 小孩如果有不良的口腔习惯，比如经常咬唇、咬颊或者牙齿有锐利的边缘、残根残冠等，就容易反复刺激口腔黏膜，导致长期口腔溃疡。例如，有的小孩牙齿萌出时，边缘比较锐利，就可能反复摩擦口腔黏膜引发溃疡。口腔卫生不佳： 小孩口腔清洁不到位，食物残渣容易在口腔内残留，滋生细菌，进而刺激口腔黏膜，引发长期口腔溃疡。比如小孩饭后不及时漱口，食物残渣存留在牙缝等部位，就容易诱发溃疡。
免疫系统问题
自身免疫性因素： 若小孩自身免疫系统出现紊乱，也可能导致长期口腔溃疡。比如患有某些自身免疫性疾病时，免疫系统会错误地攻击口腔黏膜细胞，从而引发口腔溃疡，而且这种情况往往会持续较长时间。免疫功能低下： 当小孩免疫功能低下时，身体抵御病原体的能力减弱，容易受到病菌的侵袭，也容易出现长期口腔溃疡的情况。比如一些患有先天性免疫缺陷疾病的小孩，就常常反复出现口腔溃疡。