克罗恩病患者的症状多样，常见的有腹痛，约半数以上患者会出现不同程度的腹痛，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，进食后加重，排便或肛门排气后可缓解。腹泻也是常见症状，多数患者有腹泻表现，病程初期为间歇性发作，随着病情进展可转为持续性腹泻，粪便多为糊状，一般无脓血或黏液。
肠道相关症状
腹痛表现： 腹痛的程度和性质因人而异，有的患者腹痛较为轻微，仅感觉腹部不适；而有的患者腹痛较为剧烈，甚至影响正常生活。一般来说，腹痛的发作没有明显的特定时间规律，但与进食关系较为密切，进食后胃肠道蠕动增加，可能诱发腹痛。腹泻特点： 腹泻的频率也各不相同，轻的患者可能每天腹泻3 - 4次，重的患者每天腹泻可达10余次。而且腹泻的严重程度会随着病情的变化而改变，在病情活动期腹泻往往会加重，缓解期可能会有所减轻，但很难完全停止。
全身症状
发热情况： 部分克罗恩病患者会出现发热症状，多为间歇性低热或中度发热，体温一般在37.5℃ - 38.5℃之间。少数患者会出现高热，体温超过39℃。发热通常是由于肠道炎症反应引起的全身炎症反应所致。体重减轻： 很多患者会出现体重减轻的情况，这是因为肠道炎症影响了营养物质的吸收，同时患者可能会因为腹痛、腹泻等症状而食欲减退，导致摄入的营养不足，长期下来就会出现体重逐渐下降的情况。一般在病情活动期体重减轻较为明显，严重者体重可下降10%以上。
肠道外表现
口腔病变： 部分患者会出现口腔黏膜溃疡，表现为口腔内有疼痛性的溃疡创面，影响进食和说话。另外，还可能出现牙龈增生等口腔问题。皮肤表现： 有的患者会出现结节性红斑，表现为下肢伸侧出现红色结节，伴有疼痛和压痛。还有的患者会出现坏疽性脓皮病，表现为皮肤出现溃疡性病变，愈合后容易留下瘢痕。