男性生殖器官上长痘痘一样的东西，可能是以下原因引起：
1.尖锐湿疣：
是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致的以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。
主要通过性接触传播，少数通过间接接触传播，是常见的性传播疾病之一。
男性好发于冠状沟、龟头、包皮、系带、尿道口、阴茎体、肛周、直肠内和阴囊。
初起为细小淡红色丘疹，以后逐渐增大增多，单个或群集分布，湿润柔软，表面凹凸不平，呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。红色或污灰色。根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，触之易出血。皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积，致有恶臭，且可因搔抓而引起继发感染。本病常无自觉症状，部分病人可出现异物感、痛、痒感或性交痛。直肠内尖锐湿疣可发生疼痛、便血、里急后重感。
2.珍珠状阴茎丘疹：
又称为珍珠状阴茎丘疹病、冠状沟或龟头丘疹，也有学者称为毛状阴茎或多乳头状阴茎。
目前学者大多认为这是一种正常的生理变异，所以不会对健康造成影响，也不会通过性交感染和传播。
多见于20-30岁左右的男性。损害主要发生在龟头的边缘与冠状沟交界处和/或系带处。损害为1-3mm大小的丘疹，位于系带两侧损害较大。丘疹顶端圆而光滑，有个别丘疹呈毛状或丝状。丘疹多互不融合，多密集排列呈一行或多行，在龟头背侧明显，可部分或完全环绕龟头。颜色多为珍珠状白色，少数为淡红色、肤色，部分可出现轻度红肿。无压痛、无破溃，且患者无自觉症状。
3.皮脂腺异位症：
是一种皮脂腺疾病，该病是由于皮脂腺发育的生理性变型和皮脂腺增生所致。
本病不仅仅只发生于口腔黏膜，而且还多见于男性的包皮和龟头、女性的大小阴唇等部位。
多在青春期后发生，中年人较多见，该部位病变特征为无明显隆起皮肤的粟粒大小扁平丘疹状损害，群集分布，损害多无自觉症状，一般不需要治疗。
4.传染性软疣：
是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病。
本病的传染途径可有直接接触和间接接触，直接接触也包括了性接触的内容，性接触也是造成该种疾病传播的重要原因之一。
好发于儿童和青年人，潜伏期一般为14天-6个月。
在成人主要好发于生殖器部位，如耻骨、臀部、会阴部及大腿内侧，同性恋者好发于肛周及直肠部，女性好发于大、小阴唇及阴道。典型损害为受感染局部表皮细胞增生形成的丘疹，直径2-8mm，单发或多发，圆形或半球形，有蜡样光泽，中心脐凹状，并含有干酪样栓塞物，丘疹可逐渐增大，发展为花生米至黄豆大小，挤破后可挤出白色乳酪样物质，称为软疣小体。
5.其他：
还有可能是扁平湿疣、鲍温样丘疹病、阴茎中线囊肿、假性湿疣等原因引起。
如果发现男性生殖器官上长了痘痘一样的东西，建议及时就医，明确诊断后，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓，以免引起感染扩散。在治疗期间，应避免性生活，以免传染给他人。