月经干净后三天有褐色血流出可能由多种原因引起，比如排卵期出血，一般这种出血量较少，可能持续1~3天左右。
可能的原因分析
排卵期出血：
卵泡破裂因素： 女性排卵时，卵泡破裂，雌激素水平短暂下降，部分子宫内膜失去雌激素支持而少量脱落，就会出现褐色血。一般出血量少，时间短，多在2~3天，有的可能持续1周内。个体差异表现： 有些女性排卵期症状明显，能感觉到一侧下腹隐痛，同时伴有褐色分泌物；而有的女性可能没有明显感觉，仅表现为少量褐色血。
妇科疾病导致：
宫颈息肉： 宫颈部位的息肉组织比较脆弱，月经干净后，子宫环境变化可能刺激息肉出血，血液在宫腔或阴道内停留时间较长，排出时就呈褐色。息肉大小不一，小的可能只有几毫米，大的可能直径达1厘米左右。子宫内膜炎： 子宫内膜发生炎症时，局部血管通透性增加，月经后可能仍有少量出血，混合白带等形成褐色分泌物。患者可能还伴有下腹部坠胀、疼痛，白带增多且有异味等表现。
内分泌失调：
黄体功能不全： 黄体分泌的孕激素不足，子宫内膜不能良好转化，月经干净后可能出现少量持续出血。患者可能月经周期缩短，比如原本28天的周期，变为21天左右。甲状腺功能异常： 甲状腺激素分泌异常会影响内分泌系统，进而影响月经情况。比如甲状腺功能减退时，可能出现月经紊乱，月经干净后有少量褐色血流出。甲状腺功能检查中，促甲状腺激素（TSH）正常范围一般是0.35~5.5mIU/L等。
宫内节育器影响：
节育器刺激： 宫内放置节育器后，部分女性会出现月经后少量褐色血。这是因为节育器作为异物，刺激子宫收缩，导致子宫内膜局部损伤出血。一般放置节育器后的前3~6个月比较常见这种情况，有的女性适应后症状会缓解。