阴茎短小的治疗方法如下：
一、心理治疗
大多数阴茎短小综合征患者在儿童时期就会产生焦虑情绪，还有一部分患者是在青春期才开始出现焦虑不安的状况，所以要强调首先给予心理援助。
二、药物治疗
1.绒毛膜促性腺激素：对于低促性腺性功能低下的男性，可以促进睾丸间质细胞的活动，进而增加睾酮的产生，推动性器官和副性征的发育与成熟。
2.促性腺激素释放激素：能够模拟生理状态来促进性腺激素与雄性激素的生成，从而重新启动青春期发育过程，诱导阴茎实现再次发育。采用脉冲泵进行长期脉冲式给药，具体的用法用量需根据患者的实际情况进行调整。
3.睾酮：通过外源性地补充睾酮，来改善因睾丸分泌睾酮不足所导致的阴茎短小。可以通过口服睾酮胶丸、肌肉注射睾酮、外用睾酮凝胶这三种方式来补充睾酮。注射剂应进行深部肌内注射，不可静脉注射。同时，还需定期检查前列腺。
三、手术治疗
阴茎牵拉手术，适用于药物治疗效果不好或没有效果的患者，一般要在青春期后阴茎发育稳定后再考虑进行手术。
总结：对于阴茎短小的治疗，可先进行心理治疗以缓解患者焦虑，药物治疗包括使用绒毛膜促性腺激素、促性腺激素释放激素和睾酮等，手术治疗则主要是阴茎牵拉手术，需根据具体情况选择合适的治疗方法。