囟门凹陷主要由体内失水、不当喂养、疾病因素等所致。具体如下：
一、体内失水：
1.囟门是宝宝出生时骨骼未完全发育好而形成的，有前囟门和后囟门之分。正常囟门约1.5×2厘米，呈平坦或稍凹陷状态。若只是轻微凹陷，可能与体位有关，无需担忧。但当囟门凹陷严重时，多是体内失水引起。
2.颅内脑脊液以及身体内血液和组织液不断交换以维持平衡，当孩子出现重度腹泻、高热、恶心、呕吐等导致脱水症状时，会丢失大量液体，进而使囟门凹陷。
二、不当喂养：
1.孩子若不是纯母乳喂养，而是混合喂养或配方奶粉喂养，若喂养不当或吸收不良，可能出现营养不良。
2.严重时会导致患儿过度消瘦，从而引起囟门凹陷。
三、疾病因素：
1.缺乏微量元素钙、维生素D，或患有遗传性疾病、代谢性疾病如甲状腺功能低下引起的呆小症等，都可能导致囟门凹陷。
当出现囟门凹陷症状时，首先要明确病因，然后可在医生指导下进行治疗，平时饮食应尽量保持均衡。
总结：文章阐述了囟门凹陷的主要成因包括体内失水、不当喂养和疾病因素，并分别对这些成因进行了详细说明，强调出现囟门凹陷时要确定病因并治疗，同时注意饮食均衡。